食用菌菌种是从事科研和生产的重要资源，它和其他生物一样，具有遗传性和变异性。人们希望一个具有优良性状的菌种能通过保藏，使它的性状保持不变或尽可能地少变慢变。
目前对菌种资源采用的保藏方法有如下几种：
一、液氮超低温保藏法
本法是将要保藏的菌种密封在有保护剂的安瓿管里，经控制速度预冷，再置于-150～-196℃液态氮超低温冰箱中保存。其原理是采用超低温手段，使生物的代谢水平降低到最低限度，在此条件下保藏，能保持其性状基本上不发生变异。
二、低温定期移植保藏法
本法是一种经典的简易保藏方法，目前应用较多。因为它简单易行，不需特殊设备，并能随时观察所保藏菌种的情况，因此，短时间保藏绝种一般都采用这种方法。
将需要保藏的菌种接种在斜面培养基上，适温培养，当菌丝健壮地长满斜面时取出，放3～5℃低温干燥处或4℃冰箱、冰柜中保藏，每隔一定时间移植转管1次，一般4～6个月，具体应根据菌种特性来确定。
除草菇菌种外，其他的食用菌菌种部可采用此法保藏。
保藏时要注意环境温度不能太高。温度太高，霉菌容易在棉塞上生长，通过棉花纤维进人管内。所以，有条件的单位可用螺旋塞或硅氧海绵塞代替棉塞，既可减少污染的危险，又可防止培养基干燥。若用棉塞，可用于硫酸纸、牛皮纸包扎好，也能适当起到减少污染、减慢培养基干燥的作用。
同时菌种的移植转管次数不宜太多。用于保藏的培养基中琼脂数量可适当增加，以减少水分的蒸发。
三、液体石蜡保藏法
本法是把液体石蜡灌注在菌种(菌丝体菌种)斜面上来保藏菌种。它使菌种与空气隔绝，抑制细胞代谢，同时防止培养基中水分的蒸发，可延长保藏时间。
(一)培养基 用综合马铃薯培养基。
(二)液体石蜡处理 用化学纯液体石蜡(要求不含水，不霉变，比重为0.865～0.890)。分装于三角瓶中，装至瓶体的l／3处，塞好棉塞，在0.098兆帕(1千克／厘米)的压力下灭菌30分钟，连续进行2～3次。放于40℃恒温箱中数天，以蒸发其中水分，至石蜡油完全透明为止。
（三)接种培养 按常规方法接种培养。
(四)灌注液体石蜡 菌种和无菌液体石蜡放入接种室，采用无菌操作方法把液体石蜡注入试管菌种中，注入量以高出培养基斜面顶端1厘米为宜。
(五)保藏 室温或冰箱保藏均可，因注有液体石蜡，故必须竖直安故，保藏期间要定期检查，加发现培养基暴露于空气中，应及时添加无菌液体石蜡。
用液体石蜡保藏的菌种时，不需要倒去石蜡，只要用接种针挑取一小块菌丝块至新的培养基上即可，原菌种可继续保藏。从液体石蜡中第一次移出的菌丝体，由于沾有较多的油，生长较弱，需要再转接一次才能恢复正常。
液体石蜡是易燃物，使用时要十分注意安全。
本法适用于不产生孢子的菌种，故几乎所有的食用菌菌丝体都可用此法保藏。其缺点是菌种必须竖直存放，占地方多，运输交换不便，棉塞易沾灰污染。因此，凡需要长期保藏的菌种试管，最好在注入液体石蜡后换用无菌橡皮塞，或将棉塞齐管口剪乎，再用石蜡密封。
四、自然基质保藏法
利用食用菌自然生长的基质作为保种用培养基来保藏菌种。常用的有发酵粪草、木屑基质和树枝木片等。
(一)发酵粪草保藏 采用经发酵的粪草作培养基质，接入待保藏的菌种；培养好后，在4℃冰箱或适温下保藏。以蘑菇为例介绍如下：
1、基质准备 取蘑菇原种培养料晒干后去除粪块，将料草切成2厘米左右长，在清水中浸泡4—5小时，让料草充分浸透，同时失去部分养分，然后取出挤去多余的水，使料草含水量控制在68％左右。
2、基质装管 将上述处理过的料草装入试管中，灭菌。
3、种培养 培养基质冷却后接种，在25℃下培养。
4、保藏 菌丝长满基质后，换用无菌橡皮塞，低温保藏。2年左右转接一次。
5、为检验保藏菌种的优良性状是否发生变异，保藏的菌种数量要适当多些，在使用前先取出一支作菌丝生长速度和出菇试验，以确保生产用种和保藏菌种的质量。
(二) 木屑基质保藏 许多木腐类食用、药用菌都可用本法保藏。木屑基质为常规木屑麦趺(米糠)培养基，装入试管中，灭菌、接种、培养。待菌丝长好后，换无菌橡皮塞，低温保藏。
(三) 枝条或木片保藏 选取宜径1.0～1. 2厘米的阔叶树枝条，截成1.5～2.0厘米，晒干，备用。使用时将枝条浸泡在5％米糠水中，使枝条吸足水，以枝条中心有水痕为度，同时准备少许木屑米糠培养基，树枝条与木屑培养基以3：1(体积比)混合均匀，装入试管或菌种瓶中，表面盖一薄层木屑培养基，压紧，清洗，灭菌，冷却后接种，适温培养，待菌丝长满后低温或常温保藏。
(四) 麦粒保藏 用麦粒做培养基来保藏菌种的方法。用来保藏菌种的麦粒含水量宜低，大约在25%，麦粒在灭菌后不能破裂。这样可使长入麦粒中的菌丝体在麦皮的保护及麦粒中水分的有限供给下适度生长，以延长保藏期。
五、沙土管保藏法
这是用来保藏食用菌孢子的一种方法。利用孢子具有坚厚的细胞壁，对干燥有很强的抵抗力的原理，将食用菌孢子保藏在干操的无菌沙土中的方法。
所需保藏的菌类孢子可直接用于孢子，也可制成孢子悬浮液，加入预先处理过的沙土混合载体中，减压抽去水分后低温保藏。
（一)沙土要求及处理 作保藏用的沙土要求不合草根、腐草等物质，酸碱度中性。将黄沙用水浸泡洗涤数次，烘干，用孔径0.25毫米至0.177毫米(60～80目)的钢丝筛除去粗粒，用磁铁吸去铁屑，再用10%盐酸浸泡2～4小时，以除去其中的有机物质．用水充分淋洗，使成中性，备用。同时取1米深以下的贫瘠土，用水浸泡数次，使呈中性，沉淀后弃去上清液，烘干碾碎，用100～120目筛子过筛。
(二)沙土管制备 将处理好的沙与土以2～4：1的比例混合均匀，装入规格为10毫米×100毫米的小试管，每管装量约0.5克，高度1.5～1.0厘米，加塞，在126℃下灭菌30分钟，连续3次，如用干热灭菌。则在160 ℃下灭菌2～3小时。无论用哪种方法灭菌，都要检查灭菌彻底后才能使用。方法是挑取少量经灭菌的沙土放入PDA培养基上培养，检查无菌后方可使用。
(三)接种 沙土管保藏的接种方法有干接和湿接两种。干接法就是将孢子直接刮入沙土中混匀；湿接则是先将孢子制成悬浮液，然后用无菌移液管或滴管吸取孢子悬浮液，滴入沙土中，每管约0.2毫升。
(四)于燥 采用干法接种的，带入的水分较少，可将接好种的沙土管直接放入盛有石灰或无水氯化钙、变色硅胶等干燥剂的广口瓶中保藏。采用湿法接种的，则需进行真空干燥，即将接种后的沙土管移入盛有干燥剂的真空干燥器内，接上真空泵抽气7～8小时，若沙土还未干燥，可再行抽气，直至沙土基本干燥为止。真空干燥操作需在孢子接入后48小时内完成，以免孢子发芽。
(五)保藏 沙土管在低温下保藏时间可长达2～10年。使用时，用接种针(环)沾取少许沙土，接人新鲜培养基上培养，再转管1次即可得到所需的菌种。
六、滤纸片保藏法
让食用菌孢子自然弹射在无菌滤纸上，然后将滤纸无菌密封保存于低温下。
（一)滤纸片准备 取白色(收集深色孢子)或黑色(收集白色孢子)滤纸，切成一定大小，如4厘米×0.8厘米、3厘米×0.6厘米等的小条，平铺在培养皿或三角瓶中，用纸包或塞棉塞，在121℃下灭菌30分钟。
（二)采收孢子 以整菇插种法或钓悬法采收孢子，孢子自然落在滤纸条上。
(三)保藏管制备 将载有孢子的滤纸片放入保藏试管中，然后将该保藏试管放在干燥器中1～2天，以除去滤纸片中的水分(滤纸片含水量为2％)，低温保藏。
(四)复苏培养 需使用保藏的孢子时，无菌操作取滤纸条一片，将有孢子的一面贴在培养基上，或用接种针、铲刮取少许孢子涂抹在培养基上，适温培养7～12天，可观察到萌发菌丝的情况。
七、生理盐水保藏法
用无菌生理盐水(0.7%～0.9%氯化钠溶液)来保藏菌丝球或孢子。
（一）培养菌丝球 将待保藏的菌种接入马铃薯葡萄糖液体培养基中，培养基装量为250毫升，适温培养5～7天。
（二)） 生理盐水制备 称取分析纯氯化钠0.7～0.9克，放入100毫升蒸馏水中，充分搅拌，分装试管，每管装5～10毫升，三角瓶装60～80毫升。在121℃下灭菌30分钟。
（三) 接种保藏 无菌操作吸取少许菌丝球接入上述管中，塞上无菌橡皮塞，再用石蜡涂封，室温或在4℃下保藏。